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LIANTI

      2017年4月北京大學(xué)謝曉亮教授團(tuán)隊在Science上發(fā)表“Single-Cell Whole Genome Analyses by Linear Amplification via Transposon Insertion (LIANTI) (doi: 10.1126/science.aak9787)”文章，開發(fā)一種新型的單細(xì)胞全基因組線性擴(kuò)增的方法—LIANTI（Linear Amplification with Transposon Insertion）用于單細(xì)胞全基因組測序。

      LIANTI法通過轉(zhuǎn)座子插入進(jìn)行線性放大。基因組被含有T7啟動子的Tn5轉(zhuǎn)座子隨機(jī)片段化 ，T7啟動子允許線性擴(kuò)增。LIANTI法測量拷貝數(shù)的空間分辨率提高了３個數(shù)量級（能在千堿基分辨率進(jìn)行微小CNV檢測，基因組覆蓋率可達(dá)到97%)，能直接觀察從細(xì)胞到細(xì)胞不同的隨機(jī)發(fā)生的DNA復(fù)制起始位點(diǎn)。他們用新方法檢測了被紫外線照射過的單個人類細(xì)胞的單核苷酸突變，結(jié)果明顯優(yōu)于目前已知的其他方法。這意味LIANTI能更有效、精準(zhǔn)地檢測出更多疾病突變。
 

CROP-seq

     2017年7月，奧地利研究人員在Nature Methods上發(fā)表“Pooled CRISPR screening with single-cell transcriptome readout (doi:10.1038/ nmeth.4227)”文章，創(chuàng)造性地將CRISPR-Cas9和單細(xì)胞RNA測序兩種極有前景的基因組學(xué)領(lǐng)域結(jié)合在一起，發(fā)明了這種被稱作CROP-seq的單細(xì)胞測序方法 (CRISPR droplet sequencing， CRISPR液滴測序), 能大規(guī)模完成前所未有的高通量基因調(diào)控的分析。

     團(tuán)隊首先結(jié)合了CRISPR集中篩選和按序篩選的優(yōu)勢，構(gòu)建出一種能夠幫助研究人員看到單細(xì)胞測序?qū)嶒?yàn)的CRISPR gRNAs的病毒載體， 再結(jié)合最新的用于單細(xì)胞RNA測序的液滴方法足以高通量地分析單個細(xì)胞中上千種基因組編輯事件的影響。隨著單細(xì)胞測序成本的下降，這種方法能夠產(chǎn)生首批人類基因組上2.3萬個基因中每個基因的調(diào)節(jié)影響的綜合圖譜。
 

scCOOL-seq

2017年8月，北京大學(xué)湯富酬教授團(tuán)隊在Cell Research 上發(fā)表 “Single-cell multi-omics sequencing of mouse early embryos and embryonic stem cells (doi: 10.1038/cr.2017.82)”文章，開發(fā)了一種單細(xì)胞多重測序技術(shù) (scCOOL-seq)，可以對一個單細(xì)胞同時分析染色質(zhì)狀態(tài)/核小體定位、DNA甲基化、基因組拷貝數(shù)變異和染色體倍性倍性。并采用這一技術(shù)在單細(xì)胞分辨率上系統(tǒng)、深入地解析了小鼠著床前胚胎發(fā)育過程中表觀基因組重編程的關(guān)鍵特征，以及染色質(zhì)狀態(tài)與DNA甲基化之間的互動關(guān)系。這是第一次在單細(xì)胞內(nèi)對同一個單細(xì)胞進(jìn)行多達(dá)5個層面的基因組和表觀基因組特征的分析，突出了DNA甲基化和染色質(zhì)狀態(tài)的不同模式和功能。
 

      考慮到單細(xì)胞表觀基因組測序技術(shù)的相對低的覆蓋率，最理想的狀態(tài)是明確地區(qū)分染色質(zhì)狀態(tài)，包括閉合狀態(tài)和未檢出的狀態(tài)。scCOOL-seq這一新技術(shù)是可以實(shí)現(xiàn)這一點(diǎn)的單細(xì)胞染色質(zhì)測序方法。此外，scCOOL-seq可以同時檢測同一個體細(xì)胞中染色質(zhì)狀態(tài)、核小體定位、內(nèi)源DNA甲基化、CNV倍性，這將大大增強(qiáng)單個細(xì)胞內(nèi)不同遺傳和表觀遺傳層之間的復(fù)雜關(guān)系的分析能力，為今后人們繼續(xù)研究哺乳動物早期胚胎細(xì)胞全能性和多能性的開啟奠定了基礎(chǔ)，同時為體細(xì)胞克隆效率的提高以及早期胚胎發(fā)育異常的診斷與治療提供了新思路。

DroNC-seq

      10月，Broad研究所張鋒教授團(tuán)隊在Nature Methods上發(fā)表題為“Massively Parallel Single-Nucleus RNA-Seq with DroNc-Seq (doi: 10.1038/nmeth.4407)” 的文章，提出了一個新的測序技術(shù)：DroNc-Seq單細(xì)胞表達(dá)譜分析技術(shù)。該技術(shù)融合了sNuc-Seq技術(shù)與微流控技術(shù)的單細(xì)胞核RNA測序方法，可以在結(jié)構(gòu)復(fù)雜的組織中更有效地分析大量細(xì)胞或細(xì)胞核中的RNA，開啟單細(xì)胞核測序的規(guī)?；瘯r代。
 

      在利用單細(xì)胞技術(shù)來研究大腦等復(fù)雜組織的基因表達(dá)時，研究人員總會覺得困難重重，因?yàn)閺?fù)雜組織不易分離，難以辨別，分離細(xì)胞的過程會經(jīng)常破壞目的神經(jīng)元和RNA。sNuc-seq則利用單個提取的細(xì)胞核作為起始材料，通過觀察細(xì)胞核去理解不同的細(xì)胞類型和動態(tài)過程，如神經(jīng)的形成。但sNuc-Seq是一種低通量的技術(shù)，其應(yīng)用規(guī)模受到了限制。為擴(kuò)大研究的應(yīng)用規(guī)模，實(shí)現(xiàn)一次可研究數(shù)千個細(xì)胞核的高效測序，研究團(tuán)隊將目光轉(zhuǎn)向了Drop-Seq。它將單細(xì)胞與帶有DNA條碼的微珠一起包裹在微滴中，大大加速表達(dá)譜分析實(shí)驗(yàn)，同時降低成本。最終，他們開發(fā)出了融合兩種技術(shù)的DroNc-Seq方法。為檢驗(yàn)方法的準(zhǔn)確性與效率，研究人員利用DroNc-Seq對小鼠細(xì)胞系和腦組織進(jìn)行了分析，并與Drop-Seq、sNuc-Seq以及其他較低通量的單細(xì)胞RNA-Seq方法進(jìn)行比較。結(jié)果顯示DroNc-Seq表現(xiàn)出了靈敏、高效且無偏向的細(xì)胞分類能力。該技術(shù)很可能用于人體細(xì)胞圖譜計劃項目。

SISSOR

      11月加州大學(xué)圣地亞哥分校張鹍教授團(tuán)隊在PNAS上發(fā)表題為“Ultra-accurate Genome Sequencing and Haplotyping of Single Human Cells (doi: 10.1073/pnas. 1707609114)”的文章。開發(fā)了一個名為“SISSOR” (微流體反應(yīng)器法單鏈測序)的方法，用來進(jìn)行準(zhǔn)確的單細(xì)胞基因組測序和單倍體分型。

      正常人類單個細(xì)胞DNA含量為6.6pg，相對于測序所需的ug級相當(dāng)微量，并且有些DNA是獨(dú)一無二的，因此單細(xì)胞測序的關(guān)鍵一環(huán)是全基因組擴(kuò)增(WGA)，常見的方法如，MDA、MALBAC等需要用DNA聚合酶對細(xì)胞基因組做大量的體外擴(kuò)增，然后構(gòu)建文庫進(jìn)行相對讀長較短的高通量測序。這些方法有兩個明顯的缺點(diǎn)：1，聚合酶的錯誤擴(kuò)增可以在基因組上產(chǎn)生成千上萬的假陽性。2，短的序列讀長幾乎不包含任何單倍體類型信息。

      SISSOR方法是利用微流體處理器將單個細(xì)胞染色體DNA的正負(fù)雙鏈進(jìn)行分離，并將百萬堿基大小的DNA片段隨機(jī)分割成大量的納升級的組分，用于擴(kuò)增和構(gòu)建測序文庫，從而實(shí)現(xiàn)對同源染色體的互補(bǔ)雙鏈分別進(jìn)行獨(dú)立的測序。這樣就能夠進(jìn)行Long-range單倍體的組裝，并且還能利用冗余和單倍體型信息糾正測序錯誤。結(jié)果顯示，該方法的糾錯能力可以將單細(xì)胞測序錯誤率降低至10-8，并且單倍體片段平均可組裝長度為500 kb，contig達(dá)到N50大于7 Mb。該方法能夠獲得精準(zhǔn)的單細(xì)胞基因組序列以及單倍體信息以滿足臨床對基因組測序的不同需求。SISSOR是對單細(xì)胞測序技術(shù)的一次突破，將測序準(zhǔn)確性提高了兩個數(shù)量級。這項技術(shù)潛在的應(yīng)用包括對患者血液中循環(huán)腫瘤細(xì)胞進(jìn)行準(zhǔn)確的檢測，以及對體外受精的健康胚胎進(jìn)行篩選和檢測經(jīng)過基因編輯的人體細(xì)胞。

snDrop-seq+scTHS-seq

       張鹍教授團(tuán)隊本月又在Nature Biotechnology雜志上發(fā)表了“Integrative single-cell analysis of transcriptional and epigenetic states in the human adult brain (doi: 10.1038/nbt.4038)”的文章。開發(fā)了基于冰凍組織高通量單細(xì)胞核測序方法來繪制成年人腦第二代單細(xì)胞圖譜，再次引爆了單細(xì)胞研究的熱點(diǎn)。

      研究人員將視線聚焦于腦組織提取的神經(jīng)元和膠質(zhì)細(xì)胞單細(xì)胞核，克服了樣本的限制，使該方法可以應(yīng)用于新鮮或凍存的腦組織，實(shí)現(xiàn)了凍存組織的大規(guī)模單細(xì)胞檢測。另外，這項研究的一個創(chuàng)新之處在于結(jié)合了兩種高通量單細(xì)胞技術(shù)：基于微流體的單核測序 (snDrop-seq) 和單細(xì)胞轉(zhuǎn)座子超敏感位點(diǎn)測序 (scTHS-seq)的方法。snDrop-seq，不僅可以對成千上萬個單細(xì)胞同時進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析，從多方面對細(xì)胞類型和細(xì)胞狀態(tài)進(jìn)行分類，還可用于評估新鮮和凍存人體組織中的特異性表達(dá)譜，有助于研究組織的功能異質(zhì)性。該技術(shù)還攻克了在微滴中有效裂解核膜而不引起RNA過度降解的難題。為同時研究表觀遺傳特征，該團(tuán)隊還開發(fā)了scTHS-seq技術(shù)。scTHS-seq擁有具有體外轉(zhuǎn)錄擴(kuò)增的線性優(yōu)勢和改造后的超級突變Tn5轉(zhuǎn)座酶，比ATAC-seq靈敏度更高，還提高了高度細(xì)胞特異性的遠(yuǎn)端增強(qiáng)子(distal enhancers)的覆蓋度。

      研究團(tuán)隊聯(lián)合應(yīng)用以上兩種方法最終建立了這種可并行檢測細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄本和表觀遺傳特征的高通量測序平臺，為綜合分析凍存人體組織樣本中基因表達(dá)和調(diào)節(jié)提供了途徑。研究人員用此方法檢測了超過60,000個來自成人大腦皮層和小腦的單細(xì)胞，發(fā)現(xiàn)了35種不同的神經(jīng)元和神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞亞型。此外他們還將常見的人腦遺傳疾病相關(guān)的遺傳位點(diǎn)定位到特定的細(xì)胞類型，揭示了大腦中哪些細(xì)胞類型更易受腦部疾病遺傳因子的影響。這些發(fā)現(xiàn)有助于確定大腦中哪種類型的細(xì)胞最容易受到遺傳風(fēng)險因子的攻擊，最終繪制一個完整的人腦細(xì)胞圖譜。

TSCS

     本月，美國安德森癌癥中心的研究人員在Cell上發(fā)表”Multiclonal Invasion in Breast Tumors Identified by Topographic Single Cell Sequencing (doi:10.1016/

j.cell.2017.12.007)” 的研究性文章，發(fā)明了一種新的“地形”單細(xì)胞測序技術(shù) (Topographic Single Cell Sequencing, TSCS)來研究細(xì)胞位置的空間信息，用于研究早期乳腺導(dǎo)管內(nèi)原位癌 (DCIS)是如何發(fā)展為更具有侵襲性的導(dǎo)管癌癥 (IDC)。

     腫瘤細(xì)胞往往存在著各不相同的遺傳特征，這被稱為腫瘤內(nèi)異質(zhì)性。它們獨(dú)特的細(xì)胞構(gòu)成使得治療變得更加困難。此前的單細(xì)胞DNA測序方法已經(jīng)打開了探索腫瘤細(xì)胞的大門，成為了理解腫瘤內(nèi)異質(zhì)性的有力工具，但是這種方法能夠去除關(guān)于個體腫瘤細(xì)胞在組織內(nèi)精確空間定位的信息。而細(xì)胞空間數(shù)據(jù)對于了解腫瘤細(xì)胞的遷移至關(guān)重要。研究人員開發(fā)的新工具：“地形”單細(xì)胞測序 (TSCS) ，該方法提供了有關(guān)細(xì)胞位置的空間信息，能更準(zhǔn)確地從空間上測量和描述單個腫瘤細(xì)胞的具體特征。這代表了一個技術(shù)上的里程碑，此前的技術(shù)只能采用失去了空間信息的懸浮細(xì)胞。
 

       研究人員利用TSCS對來自10位具有DCIS和IDC的患者的1293個單細(xì)胞進(jìn)行了分析。研究數(shù)據(jù)揭示了DCIS和IDC之間的直接基因組譜系，并進(jìn)一步指出了入侵之前，在導(dǎo)管內(nèi)發(fā)生的大多數(shù)突變和DNA拷貝數(shù)畸變。表明多個癌細(xì)胞克隆可以從導(dǎo)管共同遷移到相鄰區(qū)域，形成侵入性腫瘤。

       TSCS和其他類似的單細(xì)胞測序方法在開發(fā)早期癌癥研究新途徑方面具有巨大的潛力。希望這些研究未來能揭示為何一些惡性腫瘤前癌沒有發(fā)展成惡性腫瘤，而另外一些則形成了侵入形式。

       隨著前不久前“人類細(xì)胞圖譜”計劃的開展，單細(xì)胞測序的研究熱情必然持續(xù)高漲。這些單細(xì)胞測序技術(shù)的不斷更新和發(fā)展無疑為構(gòu)建完整細(xì)胞圖譜提供了技術(shù)基礎(chǔ)。我們可以預(yù)見，未來綜合多組學(xué)的方法必將在復(fù)雜器官和組織的單細(xì)胞研究中發(fā)揮愈發(fā)強(qiáng)大的作用。