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RNA-Seq揭示了人類基因組中小RNA表達(dá)的程度
行業(yè)新聞 2018-12-07

  雖然小的非編碼RNA測序數(shù)據(jù)的數(shù)量不斷增加,但仍然不清楚小RNA在人類基因組中的代表程度。薩爾大學(xué)的研究人員已經(jīng)分析了來自近25,000個數(shù)據(jù)集的3030億個測序讀數(shù)來回答這個問題。
 

  研究人員確定,人類基因組的0.8%被874,123個區(qū)域可靠覆蓋,平均長度為31nt。在這些區(qū)域的基礎(chǔ)上,他們發(fā)現(xiàn)在已知的小型非編碼RNA類別中,microRNAs是最普遍的。在隨后的步驟中,他們表征了miRNA的變體,并對11,877個候選miRNA進(jìn)行了分階段驗證。其中,許多實際上在肺癌中表達(dá)并且顯著失調(diào)。最終的候選人最終通過北方污點進(jìn)行了驗證。雖然分離的miRNA仍然可以存在于人類基因組中,但我們提出的可能包含人類miRNA的最大部分。

轉(zhuǎn)錄組測序

  圖(A)描述了通過微陣列對人(候選)miRNA的首次驗證。所有4297個成熟(候選)miRNA的聚類熱圖,其基于無擴增雜交在高質(zhì)量RNA樣品中顯示信號。圖(B)給出了一個代表性的例子,其映射分布如圖3所示。除了堆積圖之外,還顯示了二級結(jié)構(gòu)。圖(C)顯示了與肺癌(藍(lán)色)和對照樣品(橙色)雜交的人血液miRNA陣列的結(jié)果。結(jié)果顯示為熱圖,由頂層樹狀圖(樣本聚類)和左側(cè)(miRNA聚類)的層次聚類產(chǎn)生。

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